在以研究为中心任务，实行课题制，并用课题带动学术，促进专业人员进行研究的指导思想带领下，大家积极申报和参予国家、文化部和中国画研究院科研课题研究工作。
　　2005年，阮宗华的“中国印章艺术史学理论及述史体系”课题获文化部全国艺术学科规划领导小组批准立项为国家年度课题；申少君的“中国画色彩的独立语言”课题获批准立项为文化部课题。由我院最初发起的“国家重大历史题材美术创作工程”也于2005年由文化部、财政部联合启动实施，我院多位艺术家参予其中，并于2006年承办了“国家重大历史题材美术创作工程中国画创作研讨会”，组织了财政部、文化部、中国美术家协会、中国美术馆等有关部门负责人和画家、理论家和80多人进行了为期两天的专题讲座和研讨。
　　2005年，文化部批准我院实施为期三年的“20世纪中国画名家作品系列观摩活动”这一重点课题项目，这是中国画研究院第一次主办由国家全额投资的大型研究课题。至2006年6月已分别举办了“一代风华——民国时期中国画名家作品展”、“双星辉映——齐白石、黄宾虹册页、信札、诗稿作品展”、“文人遗韵——蒲华、吴昌硕书画作品展”三个展览，共展出公私藏品400余件：包括有立轴、册页、尺牍、诗稿、杂记、便条、题跋。作品内容更是丰富多彩，并同时出版了三册同名画集和相关论文。有百余位全国各地的理论家、画家参与的三次学术研讨会，对20世纪百年来数十位中国画名家的生活背景、成长过程、艺术经历、艺术影响、作品的题材内容、当下对其艺术的研究状况、作品真伪以及对中国画当前创作的启迪等等众多问题发表了见解。在发表的论文中既有个案的分析，也有流派的研究。讨论中大家一致认为：有必要认真整理研究这一段中国画发展的历史，探讨得失与经验，这对于当代中国画的继承与健康发展有至关重要的作用；我们不能失去中国人的文化与审美理想，要树立自身的创作标准，要加深对传统的理解与认识；对于艺术家的全面修养、创作态度的精益求精等问题，更是当今艺术家所不能缺少的。这一课题下的三个展览信息量大，内容丰富，有效地把艺术研究进一步科学化，也促进了中国画界在创作中更多的思考。
　　
　　在这一阶段，我院还组织了其他重要的艺术实践与理论研究活动。
　　2004年，组织编篡大型丛书《当代画品》，按作品艺术风格分为六卷，每卷收录当代20名画家，约请理论家对个案进行分析研究。丛书总字数超过100万，图片3000多张，是集中品评当代中国画风格特色的全新尝试。
      为响应党中央、国务院西部大开发的战略号召，由文化部艺术司主办，中国画研究院承办的，旨在全面展现西部建设成就与人文风貌的“聚焦西部采风创作活动从2000年8月开始。该项活动分为采风、创作和展览三个部分，参加活动的画家来自全国各地主要美术创作团体和艺术院校，是中国画界具有实力的中坚力量。至2004年11月已举办“中国画家西部行作品展”、“中国画画家宁夏写生创作作品展”、“中国画画家内蒙古写生创作作品展”三个大型展览，展出70余位画家的200多件大幅作品。同时出版画展作品集。这一活动反映了中国画研究院作为“国家队”在艺术创作中起的导向作用，体现了当代艺术家的责任感和使命感，通过自身的艺术实践说明我们能创作出高品质的代表人民群众的作品。这一持续的、有影响力的活动激发了艺术家的创作热情，在建设当代先进文化中创立了品牌，与社会上浮燥之风形成鲜明对照，加强了人们对民族精神和中国文化的认同感、归属感。这些活动得到了各地政府的大力配合和积极支持，召开了多次座谈研讨会对于地方的文化建设也起到极大的推动作用。